можно ли иметь две одинаковые флешки с ЭЦП для одного лица ООО или ИП?

Для ООО и ИП две одинаковые ЭЦП на разных флешках не могут быть, поскольку электронная цифровая подпись привязана к конкретному носителю и ключу. То есть, одна ЭЦП создается и работает только на одном устройстве или носителе.

Несколько ЭЦП можно оформить, если у вас есть несколько сотрудников, имеющих право без доверенности действовать от имени юридического лица.Это можно проверить по выписке из ЕГРЮЛ в строчке 24. Выписку можно скачать на сайте https://pb.nalog.ru/ по инн.

В качестве варианта иметь несколько подписей ФНС предлагает оформить МЧД — это электронная доверенность, которая дает сотруднику право подписывать цифровые документы и отчеты от имени организации или ИП.